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該局說明，藥局除經營藥品調劑、供應業務外，倘兼營成藥、指示用藥及其他貨物銷售，同時具有執行業務者及營業人身分，須辦理營業登記，如每月營業額超過新臺幣20萬元，則需開立統一發票。藥局收入中，屬銷售藥品或其他貨物之收入，應依法課徵營業稅及營利事業所得稅；屬提供藥品調劑、供應之專業性勞務部分，則核屬主持藥師、藥劑生之執行業務所得，應依所得稅法相關規定報繳綜合所得稅。
該局進一步說明，藥局購買醫師處方藥品，應係為執行藥品調劑、供應等專業性業務而為之進貨，依規定不得逕自零售，藥商銷售該類藥品予藥局，應可認屬係銷售貨物與非營業人身分之執行業務者，得開立二聯式統一發票。至成藥、指示用藥或其他貨物部分，藥局銷售類此藥品或其他貨物之收入應依法課徵營業稅，其購入類此藥品或其他貨物應係屬其銷售貨物之進項，就藥商而言，則屬銷售貨物與營業人，應開立三聯式統一發票。
該局提醒，藥商如已依藥事法相關規定區分藥品類別，並據以開立統一發票，事後稽徵機關查獲藥局有違規轉售行為時，依行政罰法第7條第1項規定不予處罰藥商，惟藥局如涉及逃漏營業稅，仍應依加值型及非加值型營業稅法第51條規定核處。
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